استخلص بكتابين كتبهما إلى القرامطة في وزارته الأولى ابتداءً وجوابًا ثلاثة آلاف رجل من المسلمين كانوا مستعبدين معهم ومسترقين بالاستحلال منهم، حتى رجعوا إلى أوطانهم وأولادهم ونعمهم وأموالهم. فإذا كتب الإنسان مثل هذه الكتب على وجه الصلاح والمغالطة للعدو لم يجب عليه حكم. قال: فما عندك فيما أقر به من أن القرامطة مسلمون؟ قال: إذا لم يثبت عنده كفرهم، وكاتبوه بذكر الله والصلاة على رسوله محمد ﷺ، وانتسبوا إلى الإسلام، وكانوا إنما ينازعون في الإمامة، لم يطلق عليهم بالكفر. قال له: فما عندك بالطلق الذي أذا طليت به الأبدان لم تعمل النار فيها يحمل إلى أعداء الإمام ورفع صوته بذلك على أبي جعفر كالمنكر لما جرى من قوله فقال أبو جعفر لعلي بن عيسى: أنفذت الطلق الذي هذه صورته إلى القرامطة؟ قال: لا. فقال ابن الفرات: رسولك وثقتك ابن فلحة.. يقر عليك بذلك. فدهش علي بن عيسى وأمسك. فقال ابن الفرات لأبي جعفر بن البهلول: احفظ اعترافه بأن ابن فلحة رسوله وثقته، وقد أقر عليه بما أنكره. فقال. أيها الوزير، ليس هذا إقرارًا. إنما هو دعوى. قال: فهو ثقته بإنفاذه إياه. قال: إنما وثقه في حمل كتاب، ولا يقبل قوله عليه في غيره. فقال ابن الفرات: أنت يا أبا جعفر وكيله لا حاكم. قال: ما أنا وكيل لكنني أقول الحق كما قلته في أمر الوزير أيده الله لما أراد حامد في وزارته الحيلة عليه بما هو أعظم من هذا. فعدل ابن الفرات إلى أن قال لعلي بن عيسى: يا قرمطي فقال: أنا أيها الوزير قرمطي؟ أنا قرمطي؟ وكررها تعريضًا به. قال: نعم، وكان عندي أنك عدو لأمير المؤمنين وبني العباس خاصةً أعز الله سلطانهم وإذا أنت عدو للمسلمين كافةً. فأمسك علي بن عيسى خوفًا