سن القيصر تيودوروس ومن بعده جستنيان الأول القوانين الصارمة ضد السامريين، فاضطر عدد كبير منهم إلى اعتناق الديانة الحاكمة، فتحول هيكل جوبيتر فوق الجرزيم إلى كنيسة للعذراء (٥٣٠ م.) فكادت السامرية أن تفنى عن آخرها «١» .

وفي فترة الاضطهاد الذي كان يهدد السامريين بالاضمحلال، نشأ بينهم مصلح كبير يدعى «بابا ربة» فعقد مجلسا مؤلفا من سبعة حكماء، ثلاثة منهم يمثلون الأحبار وأربعة يمثلون العوام. فدوّن هذا المجلس التشريعي قواعد الطريقة السامرية وتقاليدها الموروثة، حفظا لها من الاندثار؛ كما أن حدة الجفاء المستحكم بين السامريين واليهود كانت قد خفت بتأثير موجة الاضطهاد التي غمرت الفريقين، فقربت المصائب بينهما، فلم يعد اليهود ينظرون إلى السامرية نظرهم إلى نحلة وثنية مثلما كانوا يفعلون في السابق، سيما وأن السامريين كانوا بمرور الزمن قد تركوا أوثانهم القديمة. فاعتبروهم فرقة يهودية ذات صبغة خاصة، بل صاروا يمتدحون تمسكهم ببعض الشعائر الموسوية وحرصهم الشديد على تطبيقها «٢» . لكن هذا التقارب لم يلبث أن وقف عند حد معين. وفصلت الأمور الذي يحل لليهودي أن يتعاطاها مع السامري بفصل خاص ألحق بالتلمود يعرف بفصل الكوتيين (السامريين) .

وفي القرن السابع للميلاد تقلص ظل الروم عن فلسطين بفضل الفتح