الإخوان المسلمون لديهم حلقات كثيرة للصدام الفكري بينهم وبين الأستاذ سيد قطب، صحيح الإخوان يفخرون بانتماء الأستاذ سيد قطب ﵀ إليهم، لكن ربما يكون هذا على مستوى الدعوة العامة أو الأمور الدعائية، أما في حقيقة الأمر فالإخوان واجهوا فكر سيد قطب في كثير من المناسبات، بل على لسان أعلى قيادتهم وهو الأستاذ حسن الهضيبي ﵀، الذي ألف كتاب: دعاة لا قضاة، بالاشتراك مع ابنه الأستاذ مأمون الهضيبي، يرد فيه على كتاب الظلال.

وكثيرًا ما تقوم كتب الإخوان بالرد على فكر سيد قطب، صحيح أننا ننظر من زاوية معينة للأستاذ سيد قطب على أنه امتداد لفكر الإخوان، لكن ليس هذا على إطلاقه، إذ هناك خلاف فكري بين الإخوان المسلمين الذين يتمسكون بمنهج الشيخ حسن البنا ﵀، الذي كان يميل إلى الحل البرلماني السياسي، وبين اتجاه سيد قطب الذي كان يميل إلى اتجاه آخر، ولذلك سنعتمد كثيرًا في نقد بعض مواقف الأستاذ سيد قطب على كتابات كثير من علماء الإخوان ابتداء بالأستاذ حسن الهضيبي ومأمون الهضيبي والأستاذ سالم البهنساوي، أو الدكتور يوسف القرضاوي، أو غيرهم من أعلام الإخوان المسلمين.

اختار الإخوان سيد قطب ﵀ ليكون رئيس تحرير لصحيفتهم (الإخوان المسلمون) فلم يتردد ولم يعتذر، وخاض معركة ضد الانقلابيين، كتلك المعركة التي خاضها ضد فاروق وزبانيته، وكتب كثيرًا مما لا يسرهم، وكانت صحيفة الإخوان المسلمون في ذلك الوقت أشد ما يخشاه عبد الناصر وزملاؤه.

ثم انتهى الأمر إلى أن هؤلاء الأصدقاء الذين كانوا يسامرونه ويجالسونه في بيته في حلوان، وكانوا أحيانًا يلتقطون الصور التذكارية، وفيها صور لـ عبد الناصر أيضًا مع سيد قطب، تحول الأمر فيما بعد إلى خصومة معهم انتهت إلى قاض يجلس على منصة القضاء والآخر سجين، والقاضي يطالب برأسه.