نظرًا لطبيعة المركز العلمية، فقد أسس له مجلس علمي، يضم كلًا من:

١ - مدير عام المركز

٢ - مساعد المدير العام

٣ - رؤساء الأقسام العلمية في المركز

٤ - عدد من المهتمين باختصاصات المركز من خارجه يعينهم مجلس الإدارة مدة سنتين. وقد تم تعيين كل من:

- الأستاذ الدكتور عبد الله بن عبد الرحيم عسيلان - الأستاذ بجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية وعضو مجلس الشورى.

- الأستاذ الدكتور يوسف بن أحمد حوالة - الأستاذ بجامعة الملك عبد العزيز فرع المدينة المنورة

- الأستاذ الدكتور يحيى بن إبراهيم اليحيى - الأستاذ بالجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة.

- الأستاذ الدكتور عبد الله دمفو – عميد كلية التربية.

وقرر مجلس الإدارة مؤخرًا زيادة عدد الأعضاء من خارج المركز إلى ستة أعضاء متخصصين في مجالات مختلفة تهم المركز، وسيتم اختيارهم قريبًا.

ويختص المجلس العلمي للمركز بالأمور التالية:

١ - اقتراح الخطة السنوية للنشاط العلمي للمركز.

٢ - اقتراح البحوث والدراسات التي يكلف بها باحثون من خارج المركز.

٣ - تقويم الأعمال العلمية التي يريد المركز إصدارها وتقديم تقرير بشأنها إلى مجلس الإدارة، والاستعانة بمن يراه المجلس من الباحثين والمراجعين.